ну, ком-порт не используется для заливки программ. только для обмена данными с работающей программой. поэтому в данном случае он в принципе не задействован (только разве для вывода версии программы, судя по коду). чтобы запрос на установку ком-порта выдавался, надо usb-драйвера ставить в режиме "perpetual bootloader mode" как я понял из
инструкции . Для этого плату нужно дважды заресетить одноименной правой кнопкой (подписана RESET) и затем в процессе второй перезагрузки успеть нажать такую же кнопку с левой стороны (подписана BUT). затем после окончания установки юсб-драйверов снова ресет сделать до полной загрузки. тогда и появляется запрос на установку com over usb, так сказать.